V rámci 2.etapy reformy veřejné správy došlo s účinností od 1. ledna 2003 k rozdělení činnosti hygienické služby v ochraně veřejného zdraví do dvou oblastí:
- výkon státní správy a státního zdravotního dozoru - Krajské hygienické stanice
- poskytování služeb - Zdravotní ústavy
Výkon státní správy a státního zdravotního dozoru zajišťují krajské hygienické stanice, které mají územní pracoviště v místě sídla dosavadních okresních hygienických stanic. Krajská hygienická stanice je prvoinstančním orgánem, odvolacím orgánem Ministerstvo zdravotnictví České republiky.
Krajská hygienická stanice Moravskoslezského kraje má sídlo v Ostravě, Na Bělidle 7.
Náplň činnosti v oblasti ochrany veřejného zdraví, který vykonávali doposud okresní a krajští hygienici se změnou struktury zásadně nemění. Nadále bude prováděn státní zdravotní dozor v oblasti životních a pracovních podmínek, v předcházení vzniku a šíření infekčních onemocnění. Jinými slovy v oblasti pitných a rekreačních vod, v předškolských a školských zařízeních, stravovacích službách, v činnostech epidemiologicky závažných (kosmetika, kadeřnictví, pedikúra atd.), v zdravotnických zařízeních, v oblasti pracovního prostředí, epidemiologie infekčních onemocnění.
Další úkoly krajských hygienických stanic jsou mimo jiné v oblasti hodnocení a řízení zdravotních rizik z hlediska prevence negativního ovlivnění zdravotního stavu obyvatelstva, v podílení se na monitorování vztahů životního prostředí a životních a pracovních podmínek. Další oblastí je spolupráce se správními úřady a s orgány samosprávy při tvorbě zdravotní politiky, podílení se na úkolech integrovaného záchranného systému. Orgán ochrany veřejného zdraví kontroluje a řídí místní programy ochrany a podpory veřejného zdraví.
Změna struktury hygienické služby by se neměla dotknout občanů a podniků a organizací v běžné agendě, např. při vydávání stanovisek při územních a stavebních řízeních, kolaudacích staveb, při podávání podnětů, stížností, popř. žádostí o poskytnutí informací. Podání lze učinit v místě každého územního pracoviště krajské hygienické stanice (sídla bývalých okresních hygienických stanic Karviná, Frýdek - Místek, Nový Jičín, Opava, Bruntál).