Činnost KHS v oblasti podpory zdraví a zdravotní politiky vychází ze zákona č. 258/2000 Sb., o ochraně veřejného zdraví a o změně některých souvisejících zákonů (dále jen „zákon“) jenž svěřuje do pravomoci hygienických stanic dle § 82, písmena t) provádět hodnocení a řízení zdravotních rizik z hlediska prevence negativního ovlivnění zdravotního stavu obyvatelstva a podílet se na monitorování vztahů zdravotního stavu obyvatelstva a faktorů životního prostředí a životních a pracovních podmínek.
Dále dle zákona náleží do pravomoci hygienických stanic mimo jiné též iniciovat a podílet se na tvorbě, řízení a kontrole programů ochrany a podpory veřejného zdraví včetně prevence nemocí a zdravotních rizik a dle § 82, písmena u) spolupracovat se správními úřady a s orgány samosprávy při tvorbě regionální zdravotní politiky ochrany a podpory veřejného zdraví a při rozvoji a realizaci opatření vedoucích ke zlepšování zdravotního stavu a kvality života obyvatelstva příslušného regionu; zajišťovat vyhodnocování efektivity realizovaných opatření a programů v oblasti ochrany a podpory veřejného zdraví včetně prevence nemocí a zdravotních rizik, zajišťovat minimálně jednou za 5 let hodnocení zdravotního stavu obyvatelstva příslušného regionu z hlediska všech aspektů ovlivňujících zdravotní stav obyvatelstva a navrhnout k tomu priority k řešení problémů a zlepšení zdravotního stavu obyvatelstva příslušného regionu.